Primeiros Passos¶

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Iniciar um ambiente de treinamento¶

Para usar o ambiente pré-configurado que fornecemos no GitHub Codespaces, clique no botão "Open in GitHub Codespaces" abaixo. Para outras opções, consulte Opções de ambiente.

Recomendamos abrir o ambiente de treinamento em uma nova aba ou janela do navegador (use clique direito, ctrl-clique ou cmd-clique dependendo do seu equipamento) para que você possa ler enquanto o ambiente carrega. Você precisará manter estas instruções abertas em paralelo para trabalhar no curso.

Noções básicas do ambiente¶

Este ambiente de treinamento contém todo o software, código e dados necessários para trabalhar no curso de treinamento, então você não precisa instalar nada por conta própria.

O codespace é configurado com uma interface VSCode, que inclui um explorador de arquivos, um editor de código e um terminal shell. Todas as instruções dadas durante o curso (por exemplo, 'abra o arquivo', 'edite o código' ou 'execute este comando') referem-se a essas três partes da interface VSCode, a menos que especificado de outra forma.

Se você está trabalhando neste curso por conta própria, por favor familiarize-se com as noções básicas do ambiente para mais detalhes.

Requisitos de versão¶

Este treinamento é projetado para Nextflow 25.10.2 ou posterior com o analisador de sintaxe v2 HABILITADO. Se você está usando um ambiente local ou personalizado, por favor certifique-se de estar usando as configurações corretas conforme documentado aqui.

Prepare-se para trabalhar¶

Uma vez que seu codespace esteja em execução, há duas coisas que você precisa fazer antes de mergulhar no treinamento: definir seu diretório de trabalho para este curso específico e dar uma olhada nos materiais fornecidos.

Definir o diretório de trabalho¶

Por padrão, o codespace abre com o diretório de trabalho definido na raiz de todos os cursos de treinamento, mas para este curso, trabalharemos no diretório nf4-science/rnaseq/.

Mude de diretório agora executando este comando no terminal:

cd nf4-science/rnaseq/

Você pode configurar o VSCode para focar neste diretório, de modo que apenas os arquivos relevantes apareçam na barra lateral do explorador de arquivos:

code .

Dica

Se por algum motivo você sair deste diretório (por exemplo, seu codespace entrar em suspensão), você sempre pode usar o caminho completo para retornar a ele, assumindo que você está executando isso dentro do ambiente de treinamento do Github Codespaces:

cd /workspaces/training/nf4-science/rnaseq

Agora vamos dar uma olhada no conteúdo.

Explorar os materiais fornecidos¶

Você pode explorar o conteúdo deste diretório usando o explorador de arquivos no lado esquerdo do espaço de trabalho de treinamento. Como alternativa, você pode usar o comando tree.

Ao longo do curso, usamos a saída do tree para representar a estrutura e o conteúdo do diretório de forma legível, às vezes com pequenas modificações para maior clareza.

Aqui geramos um índice de conteúdo até o terceiro nível:

tree . -L 3

Conteúdo do diretório

.
├── data
│   ├── genome.fa
│   ├── paired-end.csv
│   ├── reads
│   │   ├── ENCSR000COQ1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO2_1.fastq.gz
│   │   └── ENCSR000CPO2_2.fastq.gz
│   └── single-end.csv
├── nextflow.config
├── rnaseq.nf
└── solutions
    ├── modules
    │   ├── fastqc.nf
    │   ├── fastqc_pe.nf
    │   ├── hisat2_align.nf
    │   ├── hisat2_align_pe.nf
    │   ├── multiqc.nf
    │   ├── trim_galore.nf
    │   └── trim_galore_pe.nf
    ├── rnaseq-2.1.nf
    ├── rnaseq-2.2.nf
    ├── rnaseq-2.3.nf
    ├── rnaseq-3.1.nf
    ├── rnaseq-3.2.nf
    └── rnaseq_pe-3.3.nf

Clique na caixa colorida para expandir a seção e visualizar seu conteúdo. Usamos seções recolhíveis como esta para exibir a saída esperada de comandos, bem como o conteúdo de diretórios e arquivos de forma concisa.

O arquivo rnaseq.nf é um esboço de um script de fluxo de trabalho que você construirá ao longo do curso.
O diretório modules contém esboços de módulos de processo que você preencherá durante o curso.
O arquivo nextflow.config é um arquivo de configuração que define propriedades mínimas do ambiente. Você pode ignorá-lo por enquanto.
O diretório data contém dados de entrada e recursos relacionados, descritos mais adiante no curso.
O diretório solutions contém scripts de fluxo de trabalho completos e módulos que resultam de cada etapa do curso. Eles são destinados a serem usados como referência para verificar seu trabalho e solucionar quaisquer problemas. A solução da Parte 2 pode ser usada como ponto de partida para a Parte 3.

Lista de verificação de prontidão¶

Acha que está pronto para mergulhar?

Eu entendo o objetivo deste curso e seus pré-requisitos
Meu ambiente está funcionando
Defini meu diretório de trabalho apropriadamente

Se você pode marcar todas as caixas, está pronto para começar.

Para continuar para Parte 1: Visão geral do método, clique na seta no canto inferior direito desta página.