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Nextflow para RNAseqcourse

  • Resumo do curso

    Tradução assistida por IA - saiba mais e sugira melhorias

    Um curso prático aplicando Nextflow a um caso de uso real de transcriptômica: processamento de RNAseq bulk com Trim Galore, HISAT2 e FastQC.

    Este curso se baseia no treinamento para iniciantes Hello Nextflow e demonstra como usar Nextflow no contexto específico de análise de RNAseq bulk. Você implementará um pipeline de processamento que remove sequências adaptadoras, alinha as reads a um genoma de referência e realiza controle de qualidade (QC) em várias etapas.

  • Informações adicionais

    Requisitos técnicos

    Você precisará de uma conta no GitHub OU de uma instalação local do Nextflow. Consulte Opções de ambiente para mais detalhes.

    Objetivos de aprendizado
    • Escrever um fluxo de trabalho linear para aplicar métodos básicos de processamento e QC de RNAseq
    • Manipular arquivos específicos do domínio, como FASTQ e recursos de genoma de referência, de forma apropriada
    • Manipular dados de sequenciamento single-end e paired-end
    • Aproveitar o paradigma de dataflow do Nextflow para paralelizar o processamento de RNAseq por amostra
    • Agregar relatórios de QC através de múltiplas etapas e amostras usando operadores de canal relevantes
    Público e pré-requisitos
    • Público: Este curso é destinado a pesquisadores em transcriptômica e áreas relacionadas que desejam desenvolver ou personalizar pipelines de análise de dados.
    • Habilidades: Assume-se alguma familiaridade com a linha de comando, conceitos básicos de script e formatos de arquivo comuns de RNAseq.
    • Pré-requisitos: Conceitos e ferramentas fundamentais do Nextflow abordados no Hello Nextflow.

Visão geral do curso

Este curso é prático, com exercícios orientados a objetivos estruturados para introduzir informações gradualmente.

Você começará executando as ferramentas de processamento manualmente no terminal para entender a metodologia, depois construirá progressivamente um pipeline Nextflow que automatiza e escala a análise.

Plano de aulas

Dividimos isso em três partes que focam em aspectos específicos da aplicação do Nextflow a um caso de uso de RNAseq.

Capítulo do curso Resumo Duração estimada
Parte 1: Visão geral do método Compreendendo a metodologia de processamento de RNAseq e executando as ferramentas manualmente 30 min
Parte 2: Implementação de amostra única Construindo um pipeline que remove adaptadores, alinha e faz QC de uma única amostra, depois escalando para múltiplas amostras 60 min
Parte 3: Implementação multi-amostra paired-end Estendendo o pipeline para manipular dados paired-end e agregar relatórios de QC através das amostras 45 min

Ao final deste curso, você será capaz de aplicar conceitos e ferramentas fundamentais do Nextflow a um caso de uso típico de RNAseq.

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