Podsumowanie kursu¶
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Gratulujemy ukończenia kursu szkoleniowego Nextflow dla RNAseq!
Twoja droga¶
Zacząłeś od ręcznego uruchamiania narzędzi do przetwarzania RNAseq w terminalu, aby zrozumieć metodologię. Następnie zbudowałeś pipeline Nextflow dla pojedynczej próbki, aby zautomatyzować proces, przeskalowałeś go do obsługi wielu próbek równolegle i rozszerzyłeś, aby obsługiwał dane paired-end oraz agregował raporty QC dla wszystkich próbek.
Co zbudowałeś¶
- Pipeline do przetwarzania RNAseq, który przyjmuje pliki FASTQ jako wejście i produkuje przycięte odczyty, dopasowania oraz zagregowane raporty QC jako wyjście.
- Procesy do przycinania (Trim Galore), dopasowania (HISAT2), kontroli jakości (FastQC) i agregacji raportów (MultiQC) przechowywane w oddzielnych plikach modułów.
- Pipeline automatycznie paralelizuje przetwarzanie próbek wejściowych, wykorzystując paradygmat przepływu danych Nextflow.
- Finalny pipeline obsługuje dane sekwencjonowania paired-end.
Zdobyte umiejętności¶
Dzięki temu praktycznemu kursowi nauczyłeś się:
- Pisać liniowy workflow do zastosowania podstawowych metod przetwarzania i kontroli jakości RNAseq
- Odpowiednio obsługiwać pliki specyficzne dla dziedziny, takie jak FASTQ i zasoby genomu referencyjnego
- Obsługiwać dane sekwencjonowania single-end i paired-end
- Wykorzystywać paradygmat przepływu danych Nextflow do paralelizacji przetwarzania RNAseq dla poszczególnych próbek
- Agregować raporty QC z wielu kroków i próbek, używając odpowiednich operatorów kanałów
Jesteś teraz przygotowany, aby zacząć stosować Nextflow do workflow'ów analizy RNAseq we własnej pracy.
Następne kroki w rozwijaniu umiejętności¶
Oto nasze najważniejsze sugestie dotyczące kolejnych kroków:
- Zastosuj Nextflow do innych przypadków użycia w analizie naukowej z Nextflow for Science
- Rozpocznij pracę z nf-core dzięki Hello nf-core
- Poznaj bardziej zaawansowane funkcje Nextflow dzięki Side Quests
Na koniec polecamy zapoznanie się z Seqera Platform, platformą w chmurze opracowaną przez twórców Nextflow, która jeszcze bardziej ułatwia uruchamianie i zarządzanie workflow'ami, a także zarządzanie danymi i przeprowadzanie analiz interaktywnie w dowolnym środowisku.
Uzyskiwanie pomocy¶
Aby znaleźć zasoby pomocy i wsparcie społeczności, zobacz stronę Pomocy.
Ankieta zwrotna¶
Zanim przejdziesz dalej, poświęć chwilę na wypełnienie ankiety kursu! Twoja opinia pomaga nam ulepszać materiały szkoleniowe dla wszystkich.