Podsumowanie kursu¶
Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia
Gratulacje z okazji ukończenia kursu szkoleniowego Nextflow dla genomiki! 🎉
Twoja droga¶
Zacząłeś od ręcznego uruchamiania narzędzi do wykrywania wariantów w terminalu, aby zrozumieć metodologię. Następnie zbudowałeś pipeline Nextflow dla pojedynczej próbki, aby zautomatyzować ten proces, przeskalowałeś go do równoległej obsługi wielu próbek i dodałeś wspólne genotypowanie wielu próbek przy użyciu operatorów kanałów.
Co zbudowałeś¶
- Pipeline do wykrywania wariantów, który przyjmuje pliki BAM jako wejście i produkuje wspólnie wywołane pliki VCF jako wyjście.
- Trzy procesy (
SAMTOOLS_INDEX,GATK_HAPLOTYPECALLERiGATK_JOINTGENOTYPING) przechowywane w oddzielnych plikach modułów. - Pipeline automatycznie paralelizuje przetwarzanie próbek wejściowych, wykorzystując paradygmat przepływu danych Nextflow.
- Wyniki są publikowane do katalogu o nazwie
results/.
Zdobyte umiejętności¶
Dzięki temu praktycznemu kursowi nauczyłeś się:
- Pisać liniowy workflow do zastosowania wykrywania wariantów dla pojedynczej próbki
- Odpowiednio obsługiwać pliki pomocnicze, takie jak pliki indeksów i zasoby genomu referencyjnego
- Wykorzystywać paradygmat przepływu danych Nextflow do paralelizacji wykrywania wariantów dla poszczególnych próbek
- Implementować wspólne wywoływanie wielu próbek przy użyciu odpowiednich operatorów kanałów
Jesteś teraz przygotowany, aby zacząć stosować Nextflow do workflow'ów analizy genomicznej we własnej pracy.
Kolejne kroki w rozwijaniu Twoich umiejętności¶
Oto nasze najlepsze sugestie, co zrobić dalej:
- Zastosuj Nextflow do innych przypadków użycia analizy naukowej z Nextflow for Science
- Rozpocznij pracę z nf-core dzięki Hello nf-core
- Poznaj bardziej zaawansowane funkcje Nextflow dzięki Side Quests
Na koniec zalecamy zapoznanie się z Seqera Platform — platformą opartą na chmurze, opracowaną przez twórców Nextflow, która jeszcze bardziej ułatwia uruchamianie i zarządzanie Twoimi workflow'ami, a także zarządzanie danymi i interaktywne przeprowadzanie analiz w dowolnym środowisku.
Uzyskiwanie pomocy¶
Aby uzyskać zasoby pomocy i wsparcie społeczności, zobacz stronę pomocy.
Ankieta zwrotna¶
Zanim przejdziesz dalej, poświęć chwilę na wypełnienie ankiety dotyczącej kursu! Twoja opinia pomaga nam ulepszać nasze materiały szkoleniowe dla wszystkich.