Wersje Nextflow
Aktualnie wspierana wersja składni Nextflow i wymagania¶
Od wersji 3.0 portalu szkoleniowego wszystkie nasze kursy opierają się na wersji 25.10.2 Nextflow, chyba że na stronie indeksu kursu określono inaczej (z wyjątkiem przestarzałych lub zarchiwizowanych materiałów, które mogą nie zawierać informacji o wersji).
Ponieważ kursy wykorzystują teraz typowane wejścia na poziomie workflow'a, a także dyrektywy wyjściowe na poziomie workflow'a, wymagają użycia parsera składni V2. Jeśli planujesz korzystać ze środowiska, które udostępniamy przez Github Codespaces lub lokalne devcontainery, nie musisz nic robić, chyba że w instrukcjach kursu wyraźnie zaznaczono inaczej. Jeśli jednak planujesz przejść przez szkolenia we własnym środowisku (Instalacja ręczna), musisz upewnić się, że używasz Nextflow w wersji 25.10.2 lub nowszej z włączonym parserem składni v2.
Starsze wersje materiałów szkoleniowych¶
Nasze materiały szkoleniowe są wersjonowane od lutego 2025 roku.
Możesz uzyskać dostęp do starszych wersji materiałów szkoleniowych, które działają z wersjami Nextflow przed 25.10.2, korzystając z menu rozwijanego u góry każdej strony, które pokazuje numerowaną wersję materiałów szkoleniowych. Gdy wybierzesz starszą wersję materiałów szkoleniowych, linki do środowiska szkoleniowego automatycznie wskażą odpowiednią wersję środowiska.
Inne informacje o wersjach składni Nextflow¶
Nextflow ma dwie odrębne koncepcje wersjonowania, które czasami są mylone: wersje DSL i wersje parsera składni.
DSL1 vs DSL2 odnosi się do fundamentalnie różnych sposobów pisania pipeline'ów Nextflow.
DSL1 była oryginalną składnią, w której procesy były niejawnie łączone przez kanały.
DSL2, wprowadzony w Nextflow 20.07, dodał funkcje modularności: możliwość importowania procesów i workflow'ów z innych plików, jawne bloki workflow oraz nazwane wyjścia procesów.
DSL1 został uznany za przestarzały w Nextflow 22.03 i usunięty w wersji 22.12.
Cały nowoczesny kod Nextflow używa DSL2.
Parser składni v1 vs v2 odnosi się do różnych parserów, które oba działają z kodem DSL2. Parser v1 to oryginalny, bardziej permisywny parser. Parser v2 jest bardziej restrykcyjny i umożliwia nowe funkcje językowe, takie jak typowanie statyczne (typowane wejścia i wyjścia) oraz dyrektywy wyjściowe na poziomie workflow'a. Parser v2 zapewnia również lepsze komunikaty o błędach i wychwytuje więcej błędów na etapie parsowania, a nie w czasie wykonywania. Parser v2 stanie się domyślny w Nextflow 26.04.
Podsumowując: DSL2 to język, w którym piszesz; wersja parsera składni określa, jak restrykcyjnie ten język jest interpretowany i jakie zaawansowane funkcje są dostępne.
Sprawdzanie i ustawianie wersji Nextflow¶
Możesz sprawdzić, jaka wersja Nextflow jest zainstalowana w Twoim systemie, używając polecenia nextflow --version.
Więcej informacji o tym, jak zaktualizować swoją wersję Nextflow, znajdziesz w dokumentacji referencyjnej dotyczącej aktualizacji Nextflow.
Włączanie parsera składni v2¶
Aby włączyć parser składni v2 dla bieżącej sesji, uruchom następujące polecenie w terminalu:
Aby uczynić to trwałym (do czasu, gdy v2 stanie się domyślny w Nextflow 26.04), dodaj polecenie export do profilu powłoki (~/.bashrc, ~/.zshrc itp.):
Zauważ, że zmienna środowiskowa NXF_SYNTAX_PARSER=v2 jest tymczasowym wymogiem.
Od Nextflow 26.04 parser v2 stanie się domyślny i to ustawienie nie będzie już potrzebne.
Wyłączanie parsera składni v2¶
Aby wyłączyć parser składni v2 dla bieżącej sesji, uruchom następujące polecenie w terminalu:
Migracja istniejącego kodu¶
Wskazówki dotyczące migracji istniejącego kodu w celu zapewnienia zgodności z nowszymi wersjami Nextflow znajdziesz w Notatkach migracyjnych w dokumentacji referencyjnej.
Te dwa artykuły są szczególnie pomocne przy migracji do najnowszego wydania:
Obie te funkcje są omówione w ramach szkolenia dla początkujących, począwszy od wersji 3.0 materiałów szkoleniowych.
W zależności od generacji kodu Nextflow, który zamierzasz migrować, możesz być w stanie wykonać większość pracy za pomocą lintera Nextflow, używając polecenia nextflow lint -format.
Zobacz dokumentację CLI dla lint, aby uzyskać więcej szczegółów.
Mamy nadzieję, że to będzie pomocne. Jeśli potrzebujesz pomocy, skontaktuj się z nami na Slacku lub na forum.
