Przejdź do treści

Podsumowanie kursu

Tłumaczenie wspomagane przez AI - dowiedz się więcej i zasugeruj ulepszenia

Gratulacje z okazji ukończenia kursu szkoleniowego Hello Nextflow! 🎉

Zobacz całą playlistę na kanale YouTube Nextflow.

📗 Możesz przeczytać transkrypcję wideo wraz z filmem.

Twoja droga

Zacząłeś od bardzo prostego workflow'u uruchamiającego zakodowane na sztywno polecenie. W ciągu sześciu części przekształciłeś ten podstawowy workflow w modularny, wieloetapowy pipeline wykorzystujący kluczowe funkcje Nextflow'a, w tym kanały, operatory, wbudowaną obsługę kontenerów i opcje konfiguracji.

Co zbudowałeś

  • Ostateczna forma workflow'u Hello przyjmuje jako wejście plik CSV zawierający tekstowe pozdrowienia.
  • Cztery kroki są zaimplementowane jako procesy Nextflow'a (sayHello, convertToUpper, collectGreetings i cowpy) przechowywane w osobnych plikach modułów.
  • Wyniki są publikowane do katalogu o nazwie results/.
  • Końcowe wyjście pipeline'u to zwykły plik tekstowy zawierający grafikę ASCII postaci wypowiadającej pozdrowienia zapisane wielkimi literami.
sayHello*-output.txtconvertToUpperUPPER-*collectGreetingsCOLLECTED-trio-output.txtHELLOBONJOURHOLàHello, English, 123 Bonjour, French, 456Holà, Spanish, 789greetings.csvHELLOBONJOURHOLàUPPER-Hello-output.txtUPPER-Bonjour-output.txtUPPER-Holà-output.txtcowPycowpy-COLLECTED-trio-output.txt--batch triotrio-report.txtThere were 3 greetingsin this batch.--input_________/ HOLà \| HELLO |\ BONJOUR /--------- \ ,+*^^*+___+++_ \ ,*^^^^ ) \ _+* ^**+_ \ +^ _ _++*+_+++_, ) _+^^*+_ ( ,+*^ ^ \+_ ) { ) ( ,( ,_+--+--, ^) ^\ { (\@) } f ,( ,+-^ __*_*_ ^^\_ ^\ ) {:;-/ (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_ ) ) / ( / ( ( ,___ ^*+_+* ) < < \ U _/ ) *--< ) ^\-----++__) ) ) ) ( ) _(^)^^)) ) )\^^^^^))^*+/ / / ( / (_))_^)) ) ) ))^^^^^))^^^)__/ +^^ ( ,/ (^))^)) ) ) ))^^^^^^^))^^) _) *+__+* (_))^) ) ) ))^^^^^^))^^^^^)____*^ \ \_)^)_)) ))^^^^^^^^^^))^^^^) (_ ^\__^^^^^^^^^^^^))^^^^^^^) ^\___ ^\__^^^^^^))^^^^^^^^)\\ ^^^^^\uuu/^^\uuu/^^^^\^\^\^\^\^\^\^\ ___) >____) >___ ^\_\_\_\_\_\_\) ^^^//\\_^^//\\_^ ^(\_\_\_\) ^^^ ^^ ^^^ ^
  1. sayHello: Zapisuje każde pozdrowienie do osobnego pliku wyjściowego (np. "Hello-output.txt")
  2. convertToUpper: Konwertuje każde pozdrowienie na wielkie litery (np. "HELLO")
  3. collectGreetings: Zbiera wszystkie pozdrowienia z wielkimi literami do jednego pliku batch
  4. cowpy: Generuje grafikę ASCII za pomocą narzędzia cowpy

Konfiguracja workflow'u wspiera dostarczanie wejść i parametrów w elastyczny, powtarzalny sposób.

Nabyte umiejętności

Dzięki temu praktycznemu kursowi nauczyłeś się:

  • Opisywać i wykorzystywać podstawowe komponenty Nextflow'a wystarczające do zbudowania prostego, wieloetapowego workflow'u
  • Opisywać koncepcje kolejnego kroku, takie jak operatory i fabryki kanałów
  • Uruchamiać workflow Nextflow'a lokalnie
  • Znajdować i interpretować wyjścia (wyniki) oraz pliki dziennika generowane przez Nextflow'a
  • Rozwiązywać podstawowe problemy

Jesteś teraz wyposażony w fundamentalną wiedzę, aby zacząć tworzyć własne pipeline'y w Nextflow'ie.

Kolejne kroki do rozwijania umiejętności

Oto nasze 3 najlepsze sugestie, co zrobić dalej:

Na koniec polecamy zapoznać się z Seqera Platform, platformą chmurową opracowaną przez twórców Nextflow'a, która jeszcze bardziej ułatwia uruchamianie workflow'ów i zarządzanie nimi, a także zarządzanie danymi i interaktywne uruchamianie analiz w dowolnym środowisku.

Ankieta zwrotna

Zanim przejdziesz dalej, poświęć chwilę na wypełnienie ankiety kursu! Twoja opinia pomaga nam ulepszać materiały szkoleniowe dla wszystkich.

Wypełnij ankietę