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प्रशिक्षण वातावरण शुरू करें

GitHub Codespaces पर हमारे द्वारा प्रदान किए गए पूर्व-निर्मित वातावरण का उपयोग करने के लिए, नीचे दिए गए "Open in GitHub Codespaces" बटन पर क्लिक करें। अन्य विकल्पों के लिए, वातावरण विकल्प देखें।

हम अनुशंसा करते हैं कि प्रशिक्षण वातावरण को एक नए ब्राउज़र टैब या विंडो में खोलें (अपने उपकरण के आधार पर राइट-क्लिक, ctrl-क्लिक या cmd-क्लिक का उपयोग करें) ताकि वातावरण लोड होते समय तुम पढ़ सको। कोर्स के माध्यम से काम करने के लिए तुम्हें इन निर्देशों को समानांतर में खुला रखना होगा।

वातावरण की मूल बातें

इस प्रशिक्षण वातावरण में प्रशिक्षण कोर्स को पूरा करने के लिए आवश्यक सभी सॉफ़्टवेयर, कोड और डेटा शामिल हैं, इसलिए तुम्हें स्वयं कुछ भी इंस्टॉल करने की आवश्यकता नहीं है।

codespace एक VSCode इंटरफ़ेस के साथ सेट अप है, जिसमें एक फ़ाइल सिस्टम एक्सप्लोरर, एक कोड एडिटर और एक टर्मिनल शेल शामिल है। कोर्स के दौरान दिए गए सभी निर्देश (जैसे 'फ़ाइल खोलें', 'कोड संपादित करें' या 'यह कमांड चलाएं') VScode इंटरफ़ेस के उन तीन भागों को संदर्भित करते हैं जब तक कि अन्यथा निर्दिष्ट न हो।

यदि तुम इस कोर्स को स्वयं कर रहे हो, तो कृपया अधिक विवरण के लिए वातावरण की मूल बातें से परिचित हो जाओ।

संस्करण आवश्यकताएं

यह प्रशिक्षण Nextflow 25.10.2 या बाद के संस्करण के लिए डिज़ाइन किया गया है v2 syntax parser सक्षम के साथ। यदि तुम एक लोकल या कस्टम वातावरण का उपयोग कर रहे हो, तो कृपया सुनिश्चित करो कि तुम सही सेटिंग्स का उपयोग कर रहे हो जैसा कि यहां दस्तावेज़ीकृत है।

काम के लिए तैयार हो जाओ

एक बार तुम्हारा codespace चल रहा है, प्रशिक्षण में गोता लगाने से पहले तुम्हें दो चीजें करनी होंगी: इस विशिष्ट कोर्स के लिए अपनी कार्य डायरेक्टरी सेट करो, और प्रदान की गई सामग्री पर एक नज़र डालो।

कार्य डायरेक्टरी सेट करें

डिफ़ॉल्ट रूप से, codespace सभी प्रशिक्षण कोर्सों की रूट पर कार्य डायरेक्टरी सेट के साथ खुलता है, लेकिन इस कोर्स के लिए, हम nf4-science/rnaseq/ डायरेक्टरी में काम करेंगे।

टर्मिनल में यह कमांड चलाकर अभी डायरेक्टरी बदलो:

cd nf4-science/rnaseq/

तुम VSCode को इस डायरेक्टरी पर फ़ोकस करने के लिए सेट कर सकते हो, ताकि फ़ाइल एक्सप्लोरर साइडबार में केवल प्रासंगिक फ़ाइलें दिखाई दें:

code .

सुझाव

यदि किसी कारण से तुम इस डायरेक्टरी से बाहर चले जाते हो (जैसे तुम्हारा codespace सो जाता है), तो तुम इसमें वापस लौटने के लिए हमेशा पूर्ण पथ का उपयोग कर सकते हो, यह मानते हुए कि तुम Github Codespaces प्रशिक्षण वातावरण के भीतर इसे चला रहे हो:

cd /workspaces/training/nf4-science/rnaseq

अब आइए सामग्री पर एक नज़र डालें।

प्रदान की गई सामग्री का अन्वेषण करें

तुम प्रशिक्षण workspace के बाईं ओर फ़ाइल एक्सप्लोरर का उपयोग करके इस डायरेक्टरी की सामग्री का अन्वेषण कर सकते हो। वैकल्पिक रूप से, तुम tree कमांड का उपयोग कर सकते हो।

पूरे कोर्स में, हम डायरेक्टरी संरचना और सामग्री को पठनीय रूप में प्रस्तुत करने के लिए tree के आउटपुट का उपयोग करते हैं, कभी-कभी स्पष्टता के लिए मामूली संशोधनों के साथ।

यहां हम तीसरे स्तर तक सामग्री की तालिका बनाते हैं:

tree . -L 3

डायरेक्टरी सामग्री

.
├── data
│   ├── genome.fa
│   ├── paired-end.csv
│   ├── reads
│   │   ├── ENCSR000COQ1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COQ2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000COR2_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_1.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO1_2.fastq.gz
│   │   ├── ENCSR000CPO2_1.fastq.gz
│   │   └── ENCSR000CPO2_2.fastq.gz
│   └── single-end.csv
├── nextflow.config
├── rnaseq.nf
└── solutions
    ├── modules
    │   ├── fastqc.nf
    │   ├── fastqc_pe.nf
    │   ├── hisat2_align.nf
    │   ├── hisat2_align_pe.nf
    │   ├── multiqc.nf
    │   ├── trim_galore.nf
    │   └── trim_galore_pe.nf
    ├── rnaseq-2.1.nf
    ├── rnaseq-2.2.nf
    ├── rnaseq-2.3.nf
    ├── rnaseq-3.1.nf
    ├── rnaseq-3.2.nf
    └── rnaseq_pe-3.3.nf

अनुभाग का विस्तार करने और इसकी सामग्री देखने के लिए रंगीन बॉक्स पर क्लिक करो। हम अपेक्षित कमांड आउटपुट के साथ-साथ डायरेक्टरी और फ़ाइल सामग्री को संक्षिप्त तरीके से प्रदर्शित करने के लिए इस तरह के संक्षिप्त अनुभागों का उपयोग करते हैं।

• rnaseq.nf फ़ाइल एक workflow स्क्रिप्ट के लिए एक रूपरेखा है जिसे तुम कोर्स के माध्यम से आगे बढ़ते हुए बनाओगे।

• modules डायरेक्टरी में process modules के लिए रूपरेखाएं हैं जिन्हें तुम कोर्स के दौरान भरोगे।

• फ़ाइल nextflow.config एक कॉन्फ़िगरेशन फ़ाइल है जो न्यूनतम वातावरण गुण सेट करती है। तुम इसे अभी के लिए अनदेखा कर सकते हो।

• data डायरेक्टरी में इनपुट डेटा और संबंधित संसाधन शामिल हैं, जिनका वर्णन कोर्स में बाद में किया गया है।

• solutions डायरेक्टरी में कोर्स के प्रत्येक चरण से प्राप्त पूर्ण workflow स्क्रिप्ट और modules शामिल हैं। वे तुम्हारे काम की जांच करने और किसी भी समस्या का निवारण करने के लिए संदर्भ के रूप में उपयोग किए जाने के लिए हैं। Part 2 समाधान को Part 3 के लिए शुरुआती बिंदु के रूप में उपयोग किया जा सकता है।

तैयारी चेकलिस्ट

लगता है कि तुम गोता लगाने के लिए तैयार हो?

• मैं इस कोर्स के लक्ष्य और इसकी पूर्वापेक्षाओं को समझता हूं
• मेरा वातावरण चल रहा है
• मैंने अपनी कार्य डायरेक्टरी उचित रूप से सेट कर ली है

यदि तुम सभी बॉक्स चेक कर सकते हो, तो तुम जाने के लिए तैयार हो।

Part 1: Method overview पर जारी रखने के लिए, इस पृष्ठ के निचले दाएं कोने में तीर पर क्लिक करो।