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Resumen del curso

Traducción asistida por IA - más información y sugerencias

¡Felicidades por completar el curso de capacitación Hello Nextflow! 🎉

Vea la lista de reproducción completa en el canal de YouTube de Nextflow.

📗 Puede leer la transcripción del video junto con el video.

Su recorrido

Comenzó con un workflow muy básico que ejecutaba un comando codificado de forma fija. A lo largo de seis partes, transformó ese workflow básico en un pipeline modular de múltiples pasos que ejercita características clave de Nextflow, incluyendo canales, operadores, soporte integrado para contenedores y opciones de configuración.

Lo que construyó

  • La forma final del workflow Hello toma como entrada un archivo CSV que contiene saludos de texto.
  • Los cuatro pasos están implementados como procesos de Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings y cowpy) almacenados en archivos de módulo separados.
  • Los resultados se publican en un directorio llamado results/.
  • La salida final del pipeline es un archivo de texto plano que contiene arte ASCII de un personaje diciendo los saludos en mayúsculas.
sayHello*-output.txtconvertToUpperUPPER-*collectGreetingsCOLLECTED-trio-output.txtHELLOBONJOURHOLàHello, English, 123 Bonjour, French, 456Holà, Spanish, 789greetings.csvHELLOBONJOURHOLàUPPER-Hello-output.txtUPPER-Bonjour-output.txtUPPER-Holà-output.txtcowPycowpy-COLLECTED-trio-output.txt--batch triotrio-report.txtThere were 3 greetingsin this batch.--input_________/ HOLà \| HELLO |\ BONJOUR /--------- \ ,+*^^*+___+++_ \ ,*^^^^ ) \ _+* ^**+_ \ +^ _ _++*+_+++_, ) _+^^*+_ ( ,+*^ ^ \+_ ) { ) ( ,( ,_+--+--, ^) ^\ { (\@) } f ,( ,+-^ __*_*_ ^^\_ ^\ ) {:;-/ (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_ ) ) / ( / ( ( ,___ ^*+_+* ) < < \ U _/ ) *--< ) ^\-----++__) ) ) ) ( ) _(^)^^)) ) )\^^^^^))^*+/ / / ( / (_))_^)) ) ) ))^^^^^))^^^)__/ +^^ ( ,/ (^))^)) ) ) ))^^^^^^^))^^) _) *+__+* (_))^) ) ) ))^^^^^^))^^^^^)____*^ \ \_)^)_)) ))^^^^^^^^^^))^^^^) (_ ^\__^^^^^^^^^^^^))^^^^^^^) ^\___ ^\__^^^^^^))^^^^^^^^)\\ ^^^^^\uuu/^^\uuu/^^^^\^\^\^\^\^\^\^\ ___) >____) >___ ^\_\_\_\_\_\_\) ^^^//\\_^^//\\_^ ^(\_\_\_\) ^^^ ^^ ^^^ ^
  1. sayHello: Escribe cada saludo en su propio archivo de salida (p. ej. "Hello-output.txt")
  2. convertToUpper: Convierte cada saludo a mayúsculas (p. ej. "HELLO")
  3. collectGreetings: Recopila todos los saludos en mayúsculas en un único archivo por lotes
  4. cowpy: Genera arte ASCII usando la herramienta cowpy

La configuración del workflow permite proporcionar entradas y parámetros de manera flexible y reproducible.

Habilidades adquiridas

A través de este curso práctico, ha aprendido a:

  • Describir y utilizar componentes centrales de Nextflow suficientes para construir un workflow simple de múltiples pasos
  • Describir conceptos del siguiente nivel como operadores y factorías de canales
  • Lanzar un workflow de Nextflow localmente
  • Encontrar e interpretar salidas (resultados) y archivos de registro generados por Nextflow
  • Solucionar problemas básicos

Ahora está equipado con el conocimiento fundamental para comenzar a desarrollar sus propios pipelines en Nextflow.

Próximos pasos para desarrollar sus habilidades

Aquí están nuestras 3 principales sugerencias sobre qué hacer a continuación:

Finalmente, le recomendamos que eche un vistazo a Seqera Platform, una plataforma basada en la nube desarrollada por los creadores de Nextflow que hace aún más fácil lanzar y gestionar sus workflows, así como administrar sus datos y ejecutar análisis de forma interactiva en cualquier entorno.

Encuesta de retroalimentación

Antes de continuar, ¡por favor tome un minuto para completar la encuesta del curso! Su retroalimentación nos ayuda a mejorar nuestros materiales de capacitación para todos.

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