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Nextflow für RNAseqcourse

  • Kursübersicht

    KI-gestützte Übersetzung - mehr erfahren & Verbesserungen vorschlagen

    Ein praxisorientierter Kurs, der Nextflow auf einen realen Transkriptomik-Anwendungsfall anwendet: Bulk-RNAseq-Verarbeitung mit Trim Galore, HISAT2 und FastQC.

    Dieser Kurs baut auf dem Hello Nextflow Einsteiger-Training auf und zeigt, wie man Nextflow im spezifischen Kontext der Bulk-RNAseq-Analyse einsetzt. Du implementierst eine Verarbeitungs-Pipeline, die Adaptersequenzen trimmt, Reads an eine Genomreferenz aligniert und Qualitätskontrollen (QC) in mehreren Schritten durchführt.

  • Zusätzliche Informationen

    Technische Voraussetzungen

    Du benötigst ein GitHub-Konto ODER eine lokale Installation von Nextflow. Weitere Details findest du unter Umgebungsoptionen.

    Lernziele
    • Einen linearen Workflow zu schreiben, um grundlegende RNAseq-Verarbeitungs- und QC-Methoden anzuwenden
    • Domänenspezifische Dateien wie FASTQ und Genomreferenzen angemessen zu handhaben
    • Single-End- und Paired-End-Sequenzierungsdaten zu verarbeiten
    • Nextflows Dataflow-Paradigma zu nutzen, um die RNAseq-Verarbeitung pro Probe zu parallelisieren
    • QC-Reports über mehrere Schritte und Proben hinweg mit relevanten Channel-Operatoren zu aggregieren
    Zielgruppe & Voraussetzungen
    • Zielgruppe: Dieser Kurs richtet sich an Forschende im Bereich Transkriptomik und verwandter Fachgebiete, die Datenanalyse-Pipelines entwickeln oder anpassen möchten.
    • Kenntnisse: Grundlegende Vertrautheit mit der Kommandozeile, einfachen Scripting-Konzepten und gängigen RNAseq-Dateiformaten wird vorausgesetzt.
    • Voraussetzungen: Grundlegende Nextflow-Konzepte und Tools, die im Hello Nextflow Einsteiger-Training behandelt werden.

Kursübersicht

Dieser Kurs ist praxisorientiert, mit zielgerichteten Übungen, die so strukturiert sind, dass Informationen schrittweise eingeführt werden.

Du beginnst damit, die Verarbeitungstools manuell im Terminal auszuführen, um die Methodik zu verstehen. Dann baust du schrittweise eine Nextflow-Pipeline auf, die die Analyse automatisiert und skaliert.

Lektionsplan

Wir haben den Kurs in drei Teile unterteilt, die sich jeweils auf spezifische Aspekte der Anwendung von Nextflow auf einen RNAseq-Anwendungsfall konzentrieren.

Kurskapitel Zusammenfassung Geschätzte Dauer
Teil 1: Methodenübersicht Die RNAseq-Verarbeitungsmethodik verstehen und die Tools manuell ausführen 30 Min.
Teil 2: Einzelproben-Implementierung Eine Pipeline erstellen, die eine einzelne Probe trimmt, aligniert und QC durchführt, dann auf mehrere Proben skaliert 60 Min.
Teil 3: Mehrproben-Paired-End-Implementierung Die Pipeline erweitern, um Paired-End-Daten zu verarbeiten und QC-Reports über Proben hinweg zu aggregieren 45 Min.

Am Ende dieses Kurses kannst du grundlegende Nextflow-Konzepte und Tools auf einen typischen RNAseq-Anwendungsfall anwenden.

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