Kurszusammenfassung

KI-gestützte Übersetzung - mehr erfahren & Verbesserungen vorschlagen

Herzlichen Glückwunsch zum Abschluss des Nextflow for Genomics Trainingskurses! 🎉

Deine Lernreise

Du hast damit begonnen, Variant-Calling-Tools manuell im Terminal auszuführen, um die Methodik zu verstehen. Dann hast du eine Nextflow-Pipeline für eine einzelne Probe erstellt, um den Prozess zu automatisieren, sie für die parallele Verarbeitung mehrerer Proben skaliert und mit Channel-Operatoren ein gemeinsames Genotyping für mehrere Proben hinzugefügt.

Was du erstellt hast

• Eine Variant-Calling-Pipeline, die BAM-Dateien als Eingabe nimmt und gemeinsam aufgerufene VCFs als Ausgabe erzeugt.
• Drei Prozesse (SAMTOOLS_INDEX, GATK_HAPLOTYPECALLER und GATK_JOINTGENOTYPING), die in separaten Moduldateien gespeichert sind.
• Die Pipeline parallelisiert automatisch die Verarbeitung der Eingabeproben durch Nextflows Dataflow-Paradigma.
• Die Ergebnisse werden in einem Verzeichnis namens results/ veröffentlicht.

Erworbene Fähigkeiten

Durch diesen praxisorientierten Kurs hast du gelernt, wie du:

• Einen linearen Workflow schreibst, um Variant Calling auf eine einzelne Probe anzuwenden
• Zusatzdateien wie Index-Dateien und Referenzgenom-Ressourcen angemessen handhabst
• Nextflows Dataflow-Paradigma nutzt, um Variant Calling pro Probe zu parallelisieren
• Gemeinsames Genotyping für mehrere Proben mit relevanten Channel-Operatoren implementierst

Du bist jetzt bereit, Nextflow auf Genomik-Analyse-Workflows in deiner eigenen Arbeit anzuwenden.

Nächste Schritte zum Ausbau deiner Fähigkeiten

Hier sind unsere Top-Empfehlungen für die nächsten Schritte:

• Wende Nextflow auf andere wissenschaftliche Analyse-Anwendungsfälle an mit Nextflow for Science
• Starte mit nf-core durch Hello nf-core
• Erkunde fortgeschrittenere Nextflow-Features mit den Side Quests

Abschließend empfehlen wir dir, einen Blick auf Seqera Platform zu werfen, eine cloudbasierte Plattform, die von den Entwickler*innen von Nextflow erstellt wurde und es noch einfacher macht, deine Workflows zu starten und zu verwalten sowie deine Daten zu managen und Analysen interaktiv in jeder Umgebung auszuführen.

Hilfe erhalten

Hilfsressourcen und Community-Support findest du auf der Hilfe-Seite.

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