Nextflow für Genomikcourse¶
-
Kursübersicht
KI-gestützte Übersetzung - mehr erfahren & Verbesserungen vorschlagen
Ein praxisorientierter Kurs, der Nextflow auf einen realen Genomik-Anwendungsfall anwendet: Variantenaufruf mit GATK.
Dieser Kurs baut auf dem Hello Nextflow Einsteiger-Training auf und zeigt, wie du Nextflow im spezifischen Kontext der Genomik einsetzen kannst. Du wirst eine Variantenaufruf-Pipeline mit GATK (Genome Analysis Toolkit) implementieren, einem weit verbreiteten Softwarepaket zur Analyse von Hochdurchsatz-Sequenzierungsdaten.
-
Zusätzliche Informationen
Technische Voraussetzungen
Du benötigst ein GitHub-Konto ODER eine lokale Installation von Nextflow. Weitere Details findest du unter Umgebungsoptionen.
Lernziele
- Write a linear workflow to apply variant calling to a single sample
- Handle accessory files such as index files and reference genome resources appropriately
- Leverage Nextflow's dataflow paradigm to parallelize per-sample variant calling
- Implement multi-sample joint calling using relevant channel operators
Zielgruppe & Voraussetzungen
- Audience: This course is designed for researchers in genomics and related fields who want to develop or customize data analysis pipelines.
- Skills: Some familiarity with the command line, basic scripting concepts, and common genomics file formats is assumed.
- Prerequisites: Foundational Nextflow concepts and tooling covered in Hello Nextflow.
Kursübersicht¶
Dieser Kurs ist praxisorientiert, mit zielgerichteten Übungen, die so strukturiert sind, dass Informationen schrittweise eingeführt werden.
Du beginnst damit, die Variantenaufruf-Tools manuell im Terminal auszuführen, um die Methodik zu verstehen. Anschließend baust du schrittweise eine Nextflow-Pipeline auf, die die Analyse automatisiert und skaliert.
Lektionsplan¶
Wir haben dies in drei Teile unterteilt, die sich jeweils auf bestimmte Aspekte der Anwendung von Nextflow auf einen Genomik-Anwendungsfall konzentrieren.
| Kurskapitel | Zusammenfassung | Geschätzte Dauer |
|---|---|---|
| Teil 1: Methodenübersicht | Verstehen der Variantenaufruf-Methodik und manuelles Ausführen der Tools | 30 Min. |
| Teil 2: Variantenaufruf pro Probe | Erstellen einer Pipeline, die BAM-Dateien indiziert und Varianten aufruft, dann Skalierung auf mehrere Proben | 60 Min. |
| Teil 3: Joint Calling auf einer Kohorte | Hinzufügen von Multi-Sample Joint Genotyping mit Channel-Operatoren zur Aggregation von Ausgaben pro Probe | 45 Min. |
Am Ende dieses Kurses wirst du in der Lage sein, grundlegende Nextflow-Konzepte und -Werkzeuge auf einen typischen Genomik-Anwendungsfall anzuwenden.
Bereit, den Kurs zu beginnen?