Resum del curs¶
Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments
Felicitats per haver completat el curs de formació de Nextflow per a Genòmica! 🎉
El teu recorregut¶
Has començat executant eines de detecció de variants manualment al terminal per entendre la metodologia. Després has construït un pipeline de Nextflow per a una sola mostra per automatitzar el procés, l'has escalat per gestionar múltiples mostres en paral·lel, i has afegit genotipat conjunt de múltiples mostres utilitzant operadors de canal.
El que has construït¶
- Un pipeline de detecció de variants que pren fitxers BAM com a entrada i produeix VCF amb detecció conjunta com a sortida.
- Tres processos (
SAMTOOLS_INDEX,GATK_HAPLOTYPECALLERiGATK_JOINTGENOTYPING) emmagatzemats en fitxers de mòdul separats. - El pipeline paral·lelitza automàticament el processament de les mostres d'entrada utilitzant el paradigma de flux de dades de Nextflow.
- Els resultats es publiquen en un directori anomenat
results/.
Habilitats adquirides¶
A través d'aquest curs pràctic, has après com:
- Escriure un workflow lineal per aplicar detecció de variants a una sola mostra
- Gestionar fitxers accessoris com fitxers d'índex i recursos del genoma de referència adequadament
- Aprofitar el paradigma de flux de dades de Nextflow per paral·lelitzar la detecció de variants per mostra
- Implementar detecció conjunta de múltiples mostres utilitzant operadors de canal rellevants
Ara estàs preparat/da per començar a aplicar Nextflow a workflows d'anàlisi genòmica en el teu propi treball.
Propers passos per desenvolupar les teves habilitats¶
Aquí tens les nostres principals recomanacions sobre què fer a continuació:
- Aplica Nextflow a altres casos d'ús d'anàlisi científica amb Nextflow for Science
- Comença amb nf-core amb Hello nf-core
- Explora funcionalitats més avançades de Nextflow amb les Side Quests
Finalment, et recomanem que donis una ullada a Seqera Platform, una plataforma basada en el núvol desenvolupada pels creadors de Nextflow que fa encara més fàcil llançar i gestionar els teus workflows, així com gestionar les teves dades i executar anàlisis de manera interactiva en qualsevol entorn.
Obtenir ajuda¶
Per a recursos d'ajuda i suport de la comunitat, consulta la pàgina d'Ajuda.
Enquesta de valoració¶
Abans de continuar, si us plau, dedica un minut a completar l'enquesta del curs! La teva valoració ens ajuda a millorar els nostres materials de formació per a tothom.