Salta el contingut

Resum del curs

Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments

Felicitats per haver completat el curs de formació Nextflow Run! 🎉

El teu recorregut

Has començat amb un workflow molt bàsic, i has après a executar-lo, trobar les sortides i gestionar la seva execució. Després, has treballat amb versions cada vegada més complexes d'aquest workflow i has après a reconèixer els conceptes i mecanismes essencials que impulsen els pipelines de Nextflow, incloent canals i operadors, modularització de codi i contenidors. Finalment, has après com personalitzar la configuració d'un pipeline per adaptar-lo a les teves preferències i la teva infraestructura computacional.

Què has après

Ara ets capaç de gestionar l'execució del pipeline Hello, descriure com està estructurat i identificar les peces principals de codi implicades.

  • La forma final del workflow Hello pren com a entrada un fitxer CSV que conté salutacions de text.
  • Els quatre passos s'implementen com a processos de Nextflow (sayHello, convertToUpper, collectGreetings i cowpy) emmagatzemats en fitxers de mòdul separats.
  • Els resultats es publiquen en un directori anomenat results/.
  • La sortida final del pipeline és un fitxer de text pla que conté art ASCII d'un personatge dient les salutacions en majúscules.
sayHello*-output.txtconvertToUpperUPPER-*collectGreetingsCOLLECTED-trio-output.txtHELLOBONJOURHOLàHello, English, 123 Bonjour, French, 456Holà, Spanish, 789greetings.csvHELLOBONJOURHOLàUPPER-Hello-output.txtUPPER-Bonjour-output.txtUPPER-Holà-output.txtcowPycowpy-COLLECTED-trio-output.txt--batch triotrio-report.txtThere were 3 greetingsin this batch.--input_________/ HOLà \| HELLO |\ BONJOUR /--------- \ ,+*^^*+___+++_ \ ,*^^^^ ) \ _+* ^**+_ \ +^ _ _++*+_+++_, ) _+^^*+_ ( ,+*^ ^ \+_ ) { ) ( ,( ,_+--+--, ^) ^\ { (\@) } f ,( ,+-^ __*_*_ ^^\_ ^\ ) {:;-/ (_+*-+^^^^^+*+*<_ _++_)_ ) ) / ( / ( ( ,___ ^*+_+* ) < < \ U _/ ) *--< ) ^\-----++__) ) ) ) ( ) _(^)^^)) ) )\^^^^^))^*+/ / / ( / (_))_^)) ) ) ))^^^^^))^^^)__/ +^^ ( ,/ (^))^)) ) ) ))^^^^^^^))^^) _) *+__+* (_))^) ) ) ))^^^^^^))^^^^^)____*^ \ \_)^)_)) ))^^^^^^^^^^))^^^^) (_ ^\__^^^^^^^^^^^^))^^^^^^^) ^\___ ^\__^^^^^^))^^^^^^^^)\\ ^^^^^\uuu/^^\uuu/^^^^\^\^\^\^\^\^\^\ ___) >____) >___ ^\_\_\_\_\_\_\) ^^^//\\_^^//\\_^ ^(\_\_\_\) ^^^ ^^ ^^^ ^
  1. sayHello: Escriu cada salutació al seu propi fitxer de sortida (p. ex. "Hello-output.txt")
  2. convertToUpper: Converteix cada salutació a majúscules (p. ex. "HELLO")
  3. collectGreetings: Recull totes les salutacions en majúscules en un únic fitxer per lots
  4. cowpy: Genera art ASCII utilitzant l'eina cowpy

La configuració del workflow permet proporcionar entrades i paràmetres de manera flexible i reproduïble.

Habilitats adquirides

A través d'aquest curs pràctic, has après com:

  • Executar un workflow de Nextflow localment
  • Trobar i interpretar sortides (resultats) i fitxers de registre generats per Nextflow
  • Reconèixer els components bàsics de Nextflow que constitueixen un workflow simple de múltiples passos
  • Descriure conceptes del següent nivell com operadors i factories de canals
  • Configurar pipelines per a diferents entorns computacionals

Ara estàs equipat amb el coneixement fonamental per començar a integrar pipelines de Nextflow existents en el teu propi treball.

Següents passos per desenvolupar les teves habilitats

Aquí tens les nostres principals suggerències sobre què fer a continuació:

Finalment, et recomanem que donis una ullada a Seqera Platform, una plataforma basada en el núvol desenvolupada pels creadors de Nextflow que fa encara més fàcil executar i gestionar els teus workflows, així com gestionar les teves dades i executar anàlisis de manera interactiva en qualsevol entorn.

Obtenir ajuda

Per a recursos d'ajuda i suport de la comunitat, consulta la pàgina d'Ajuda.

Enquesta de valoració

Abans de continuar, si us plau, dedica un minut a completar l'enquesta del curs! La teva valoració ens ajuda a millorar els nostres materials de formació per a tothom.

Fes l'enquesta