Resum del curs¶
Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments
Felicitats per haver completat el curs de formació Hello nf-core! 🎉
El teu recorregut¶
Has començat aprenent a recuperar i executar un pipeline de demostració, després has abordat la conversió d'un workflow senzill de Nextflow en un pipeline nf-core. Has après com crear una estructura de pipeline utilitzant una plantilla i has adaptat el pipeline existent a aquesta estructura. Després has refinat gradualment el pipeline substituint un dels mòduls locals per un mòdul nf-core, has transformat un altre dels mòduls locals perquè complís els estàndards nf-core, i has afegit validació d'entrada.
El que has construït¶
El teu pipeline final core-hello ara té:
- Estructura estandarditzada utilitzant la plantilla nf-core amb directoris organitzats per a workflows, subworkflows, mòduls i configuració
- Mòduls de la comunitat del repositori nf-core (
cat/cat) juntament amb els teus mòduls personalitzats - Validació exhaustiva que comprova tant els paràmetres com les dades d'entrada abans que s'executi el pipeline
- Configuració professional amb perfils per a diferents entorns d'execució
- Documentació completa i metadades seguint les convencions nf-core
Habilitats clau adquirides¶
A través d'aquest curs pràctic, has après a:
- Navegar i comprendre l'estructura dels pipelines nf-core explorant un pipeline existent
- Reestructurar workflows perquè siguin composables i s'ajustin a la plantilla nf-core
- Trobar i integrar mòduls preconstruïts del repositori de la comunitat
- Crear mòduls personalitzats seguint els estàndards nf-core per a nomenclatura, estructura i metadades
- Implementar validació utilitzant nf-schema per detectar errors de forma primerenca amb retroalimentació clara
Ara estàs equipat amb els coneixements fonamentals per construir pipelines nf-core preparats per a producció que segueixen les millors pràctiques de la comunitat.
Propers passos per desenvolupar les teves habilitats¶
Aquí tens les nostres 3 principals suggerències sobre què fer a continuació:
- Aplica Nextflow a un cas d'ús d'anàlisi científica amb Nextflow for Science
- Explora funcionalitats més avançades de Nextflow amb les Side Quests
- Involucra't unint-te a la comunitat nf-core.
Finalment, et recomanem que donis una ullada a Seqera Platform, una plataforma basada en el núvol desenvolupada pels creadors de Nextflow que fa encara més fàcil llançar i gestionar els teus workflows, així com gestionar les teves dades i executar anàlisis de forma interactiva en qualsevol entorn.
Enquesta de valoració¶
Abans de continuar, si us plau, dedica un minut a completar l'enquesta del curs! La teva valoració ens ajuda a millorar els nostres materials de formació per a tothom.