Hello nf-corecourse¶
-
Resum del curs
Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments
Hello nf-core és una introducció pràctica a l'ús de recursos i bones pràctiques d'nf-core.
Treballant amb exemples pràctics i exercicis guiats, aprendràs a utilitzar i desenvolupar mòduls i pipelines compatibles amb nf-core, i a utilitzar les eines nf-core de manera efectiva.
Adquiriràs les habilitats i la confiança per començar a desenvolupar pipelines seguint les bones pràctiques d'nf-core.
-
Informació addicional
Requisits tècnics
Necessitareu un compte de GitHub O una instal·lació local de Nextflow. Consulteu Opcions d'entorn per a més detalls.
Objectius d'aprenentatge
- Recuperar, executar i gestionar l'execució de pipelines nf-core
- Descriure l'estructura del codi i l'organització del projecte de pipelines nf-core
- Crear un pipeline bàsic compatible amb nf-core a partir d'una plantilla
- Actualitzar un workflow de Nextflow senzill per complir els estàndards nf-core
- Afegir mòduls nf-core a un pipeline compatible amb nf-core
- Contribuir els teus propis mòduls a nf-core
- Validar entrades i paràmetres utilitzant les eines nf-core
Públic i prerequisits
- Audiència: Aquest curs està dissenyat per a estudiants que ja estan familiaritzats amb Nextflow bàsic i volen aprendre a utilitzar recursos i bones pràctiques d'nf-core.
- Habilitats: S'assumeix familiaritat amb la línia de comandes, conceptes bàsics de scripting i formats de fitxer comuns.
- Cursos: Cal haver completat el curs Hello Nextflow o equivalent.
- Àmbit: Tots els exercicis són independents del domini, per tant no es requereix coneixement científic previ.
Visió general del curs¶
Aquest curs està dissenyat per ser pràctic, amb exercicis orientats a objectius estructurats per introduir informació gradualment.
Se t'introduirà a nf-core, un esforç comunitari per desenvolupar i mantenir un conjunt seleccionat de pipelines científics construïts amb Nextflow, així com eines i directrius rellevants que promouen el desenvolupament obert, les proves i la revisió per parells (Nat Biotechnol 38, 276–278 (2020), Genome Biol 26, 228 (2025)).
Els pipelines desenvolupats per la comunitat nf-core estan dissenyats per ser modulars, escalables i portables, permetent als investigadors adaptar-los i executar-los fàcilment utilitzant les seves pròpies dades i recursos de càlcul. Les directrius de bones pràctiques aplicades pel projecte asseguren encara més que els pipelines siguin robustos, ben documentats i validats amb conjunts de dades reals. Això ajuda a augmentar la fiabilitat i la reproducibilitat de les anàlisis científiques i, en última instància, permet als investigadors accelerar els seus descobriments científics.
No cobrirem tot el que hi ha per saber sobre els pipelines nf-core en aquest curs, perquè nf-core engloba moltes característiques i convencions desenvolupades per la comunitat durant anys. En canvi, ens centrarem en els conceptes essencials que t'ajudaran a començar i entendre com funciona nf-core.
Pla de lliçons¶
Hem dividit això en cinc parts que se centraran cadascuna en aspectes específics de l'ús de recursos nf-core.
| Capítol del curs | Resum | Durada estimada |
|---|---|---|
| Part 1: Executar un pipeline de demostració | Executar un pipeline nf-core existent i examinar la seva estructura de codi per tenir una idea del que fa aquests pipelines diferents dels workflows bàsics de Nextflow | 30 min |
| Part 2: Reescriure Hello per a nf-core | Adaptar un workflow existent a l'estructura de la plantilla nf-core, començant pel workflow senzill produït al curs Hello Nextflow | 60 min |
| Part 3: Utilitzar un mòdul nf-core | Explorar la biblioteca de mòduls de la comunitat i aprendre a integrar mòduls preconstruïts i provats que encapsulen eines bioinformàtiques comunes | 30 min |
| Part 4: Crear un mòdul nf-core | Crear el teu propi mòdul a l'estil nf-core utilitzant l'estructura específica, convencions de nomenclatura i requisits de metadades establerts per nf-core | 30 min |
| Part 5: Afegir validació d'entrada | Implementar validació d'entrada tant per a paràmetres de línia de comandes com per a fitxers de dades d'entrada utilitzant nf-schema | 30 min |
Al final d'aquest curs, podràs aprofitar l'enorme riquesa de recursos que ofereix el projecte nf-core.
Preparat per fer el curs?