Hello Nextflowcourse¶
-
Resum del curs
Traducció assistida per IA - més informació i suggeriments
Hello Nextflow és una introducció pràctica a la construcció de workflows d'anàlisi de dades reproduïbles i escalables.
Treballant amb exemples pràctics i exercicis guiats, aprendràs els fonaments del desenvolupament de pipelines amb Nextflow, incloent com definir processos, connectar-los en pipelines, gestionar fitxers i dependències de programari, paral·lelitzar l'execució sense esforç, i executar workflows en diferents entorns informàtics.
Adquiriràs les habilitats i la confiança per començar a desenvolupar i executar els teus propis workflows amb Nextflow.
-
Informació addicional
Requisits tècnics
Necessitareu un compte de GitHub O una instal·lació local de Nextflow. Consulteu Opcions d'entorn per a més detalls.
Objectius d'aprenentatge
- Launch and manage execution of Nextflow workflows
- Find and interpret outputs (results) and log files generated by Nextflow
- Troubleshoot basic issues
- Build a simple multi-step workflow from core Nextflow components
- Distinguish between essential types of channel factories and operators and utilize them effectively in a simple workflow
- Configure pipeline execution to run on common computing platforms including HPC and cloud
- Apply best practices for reproducibility, portability and code re-use that make pipelines FAIR, including code modularity and software containers
Públic i prerequisits
- Audience: This course is designed for learners who are completely new to Nextflow and want to develop their own pipelines.
- Skills: Some familiarity with the command line, basic scripting concepts and common file formats is assumed.
- Domain: The exercises are all domain-agnostic, so no prior scientific knowledge is required.
Vídeos del curs
Hi ha vídeos disponibles per a cada capítol, amb un instructor que resol els exercicis. El vídeo per a cada part del curs està inserit a la part superior de la pàgina corresponent.
Visió general del curs¶
Aquest curs està dissenyat per ser pràctic, amb exercicis orientats a objectius estructurats per introduir informació gradualment.
Desenvoluparàs un pipeline senzill de Nextflow que pren algunes entrades de text, executa uns quants passos de transformació, i genera un únic fitxer de text que conté una imatge ASCII d'un personatge dient el text transformat.
Pla de lliçons¶
Per tal d'evitar aclaparar-te amb conceptes i codi, hem dividit això en sis parts que se centraran cadascuna en aspectes específics del desenvolupament de pipelines amb Nextflow.
| Capítol del curs | Resum | Durada estimada |
|---|---|---|
| Part 1: Hello World | Components bàsics i principis implicats en l'assemblatge i execució d'un workflow de Nextflow | 30 min |
| Part 2: Hello Channels | Ús de canals i operadors per processar entrades i paral·lelitzar l'execució sense esforç | 45 min |
| Part 3: Hello Workflow | Ús de canals per encadenar múltiples passos junts i gestionar la transferència de dades entre passos | 60 min |
| Part 4: Hello Modules | Aplicació de principis de modularitat de codi per augmentar la reutilització i disminuir la càrrega de manteniment | 20 min |
| Part 5: Hello Containers | Ús de contenidors com a mecanisme per gestionar dependències de programari i augmentar la reproduïbilitat | 60 min |
| Part 6: Hello Config | Personalització del comportament del pipeline i optimització de l'ús en diferents entorns computacionals | 60 min |
Al final d'aquest curs, estaràs ben preparat/da per abordar els següents passos en el teu viatge per desenvolupar workflows reproduïbles per a les teves necessitats de computació científica.
Preparat/da per fer el curs?